Este livro é uma compilação de reflexões sobre as políticas indigenistas no período imperial e todas as questões territoriais que atravessaram a História, abordando a construção do pensamento indigenista na formação do Império brasileiro e fornecendo análises de como os povos indígenas "lutaram para manter seus patrimônios, suas vidas e integridade", apesar de toda exploração, escravidão e tentativas de apagamento de suas identidades. ""Entendendo os indígenas no Império do Brasil"" se debruça sobre algumas passagens históricas, dentre elas o fomento econômico do sul baiano no século XIX, com foco na missionação e colonização da Colônia Cachoeira (BA), além de buscar as perspectivas indígenas sobre a história, como os Kaingang e as políticas de ocupação das serras do vale do Ivaí, a formação do Estado nacional do Ceará, a província de São Pedro no Rio Grande do Sul, as agências indígenas no Arsenal de Marinha do Rio de Janeiro, os Botocudos na província do Espírito Santo. A obra percorre tópicos tais como as lideranças indígenas, a miscigenação entre indígenas e não indígenas, o projeto de nacionalização, o discurso colonial, os índios vereadores, a exclusão política, o papel do Instituto Histórico e Geográfico Brasileiro, a pseudo transitoriedade das culturas indígenas, a necropolítica contra o cidadão indígena e a imprensa oitocentista, que ora apresentava anedotas relacionadas aos indígenas, ora mostrava as práticas desumanas que faziam "parte do cotidiano da nação, vivendo-se ou não nos sertões do país".