Ruby e Sapphire seguem caminhos separados para alcançar seus sonhos em apenas oitenta dias, mas seus caminhos continuam se cruzando! Enquanto Ruby caça um novo e belo Pokémon, Sapphire desafia um líder de ginásio para melhorar suas habilidades nas batalhas Pokémon. Juntos, eles devem entregar uma carta importante a um misterioso destinatário.