Se eu não fizer algo, ninguém sairá vivo. Origin parte para o "Instituto de Pesquisa em Inteligência Artificial" de Quioto em uma viagem a trabalho, acompanhando sua chefe, Laura Fermi, e sua colega, Mai Hirose. É lá que, de repente, seu irmão robô Gen surge em um ataque, iniciando um massacre impiedoso. Ele precisa proteger Mai Hirose. Mas não pode revelar sua identidade. Origin pede a Y, uma inteligência artificial que reside sob a terra, para que apague todas as gravações de seus atos e parte para uma batalha que não vai poder vencer!