Embora Hellboy tenha derrotado o Dragão do Apocalipse e impedido o extermínio da raça humana, a batalha acarretou trágicas consequências. Além de culminar na morte do próprio herói egresso do Inferno e de provocar catástrofes globais, o devastador conflito ainda abriu fendas dimensionais no mundo inteiro. Invisíveis aos olhos humanos, elas são como portas escancaradas pelas quais as mais inomináveis criaturas começam a invadir o planeta. É o início de um verdadeiro Inferno na Terra e, sem a proteção de Hellboy, só resta à humanidade confiar sua esperança de sobrevivência aos bravos agentes do Bureau de Pesquisas e Defesa Paranormal.