O ano é 1952, e a família Scott muda inesperadamente de Los Angeles para Londres. Janie Scott se sente desconfortável na nova escola, até que o boticário local lhe promete um remédio para tratar a saudade de casa. Mas a verdadeira cura só acontece quando conhece o filho do boticário, Benjamin, um menino curiosamente desafiante que sonha se tornar um espião. O pai de Benjamin, no entanto, não é um boticário comum, e, quando ele é sequestrado, cabe a Benjamin e Janie cuidar de seu livro sagrado, a Farmacopeia, pois espiões russos não veem a hora de colocar as mãos nele. Que segredos o livro contém? Descobrindo elixires transformadores que nunca imaginariam existir, Janie e Benjamin embarcam numa perigosa missão para salvar o boticário e evitar uma iminente catástrofe nuclear.