Nascido em Portugal por volta de 1547, João Nunes veio para o Brasil em 1580 onde foi mercador, comerciante de açúcar, traficante de escravos e senhor de engenho. Filho de cristãos-novos, João, seu irmão Diogo e alguns outros membros da família Nunes vieram tentar a sorte na colônia, provavelmente fugindo do alcance do Tribunal do Santo Ofício que desde 1540 inquiria, investigava e punia os desviantes da fé católica, dedicando atenção e rigor especial aos suspeitos de praticar o judaísmo em segredo, ou judaizar, como se dizia à época. Mas se um dos objetivos de João Nunes ao migrar para a capitania de Pernambuco foi estar fora da esfera de ação inquisitorial, seu projeto seria interrompido com a chegada da Primeira Visitação do Santo Ofício ao Brasil, entre 1591-1595, quando se tornou um dos suspeitos mais denunciados ao Visitador, tanto em Pernambuco como na Bahia. Acusado de blasfemo e irreverente por inúmeros de seus prováveis inimigos, teve como principal acusação o desrespeito ao crucifixo que, diziam seus delatores, guardava junto, próximo ou mesmo dentro do lugar aonde fazia suas necessidades fisiológicas.