Em Gotham City: Pinguim, Crocodilo, Ra’s al Ghul e outros mantêm o combatente do crime conhecido como Batman ocupado. De repente, um novo inimigo surge na forma do Destruidor e seus seguidores ninja, transportados para Gotham e soltos em um mundo desconhecido. No entanto, o Cavaleiro das Trevas não lutará sozinho. Será que mesmo com seus talentos combinados, Batman, Leonardo, Michelangelo, Donatello, Rafael e Mestre Splinter conseguirão derrotar os vilões mais cruéis de duas dimensões?